RESEARCH DESCRIPTION

Project Name: การศึกษาพลวัติเชิงโมเลกุลของผลการกลายพันธุ์ต่อตัวระงับเนื้องอกพี 53 (Molecular Dynamic Simulation Study of Mutation Effect in Tumor Suppressor P53)

Researcher: Piyarat Nimmanpipug

Organization:Science/Chemistry

Time:1 October 2008 - 30 September 2009

RESEARCHER

  1. Piyarat Nimmanpipug (Head of project)

BUDGET

  1. BioMedical Engineering Center 50,000 Baht

ABSTRACT

โปรตีนตัวกดการทำงานของเนื้องอก พี 53 เป็นปัจจัยเกี่ยวข้องกับการถอดรหัสที่มีบทบาทสำคัญในโครงข่ายสัญญาณที่ควบคุมการทำงานของเซลล์  กว่าครึ่งหนึ่งของเนื้องอกที่พบในมนุษย์พบว่า พี 53 ไม่ทำงานเนื่องจากรูปแบบการกลายพันธุ์ของยีนในลำดับที่มีความจำเพาะต่อการจับกับดีเอ็นเอของโปรตีนดังกล่าว  บริเวณที่มักพบว่ามีความเกี่ยวโยงกับการเกิดมะเร็งได้แก่ Arg175 Gly245 Arg248 Arg249 Arg273 และ Arg282 เพื่อให้เกิดความเข้าใจอันตรกิริยาการยึดจับในสภาวะที่มีน้ำ  ได้วิเคราะห์พลังงานอิสระการยึดจับโดยศึกษาผ่านวิธีพลศาสตร์เชิงโมเลกุล (MDs) และวิธีพื้นผิวกลศาสตร์เชิงโมเลกุลแบบปัวซองและโบลทสมานน์ (MMPBSA) เพื่อคำนวณพลังงานอิสระการยึดจับของทุกเรสิดิวของสารเชิงซ้อนทั้งหมด

P53, a tumor suppressor protein, is a transcription factor playing an important role in the network of signals controlling the function of a cell. Lot of tumors found in human, p53 is inactivated as a result of point missense mutations in the sequence-specific DNA binding core domain of the protein. There are some mutation positions most frequently related with cancer which is Arg175, Gly245, Arg248, Arg249, Arg273, and Arg282. To understand the binding interaction in water the binding free energy of those complexes were simulated by molecular dynamics simulations (MDs) and the Molecular Mechanics Poisson Boltzmann Surface Area (MMPBSA) methodology was applied to calculate the binding free energy of all residues of the complexes.